C’est un domaine « stratégique » car il faut toujours trouver de nouvelles ressources. C’est la mission principale du service Hydrogéologie du Syndicat. Compte tenu des phénomènes de pollution liés aux activités humaines, les recherches d’eaux souterraines profondes sont privilégiées. Elles sont aujourd’hui exploitées de préférence aux autres nappes.

Le programme Re-sources est engagé en collaboration avec la profession agricole, la Chambre d'Agriculture, et les acteurs institutionnels départementaux et régionaux afin de limiter les fuites de produits phytosanitaires et de nitrates vers la nappe souterraine utilisée pour l'eau potable. Le premier site intéresse la rivière l'Arnoult.

C'est une mission importante réalisée avec tous les acteurs concernés permettant de définir des périmètres de sécurité autour des captages afin de lutter contre les pollutions accidentelles.